Характеристика изменений микрофлоры полости рта при ковидной инфекции (обзор литературы)

Актуальность. Представлен анализ научных данных, посвященных изменениям микрофлоры ротовой полости на фоне COVID-19. Вирус SARS-CoV-2, вызывающий коронавирусную инфекцию, способен влиять на изменение состава микробиоты полости рта, способствуя дисбиозу и прогрессированию воспалительных процессов. Микроорганизмы микробиома ротовой полости могут быть потенциальными биомаркерами в восприимчивости к инфекции и тяжести ее течения. Установлено, что у пациентов, перенесших COVID-19, наблюдается существенное снижение уровня секреторного иммуноглобулина А (IgA) в слюне и ротовой жидкости по сравнению с не болевшими. Эти данные подчеркивают необходимость дальнейшего изучения влияния коронавируса на микроэкологию полости рта и разработки соответствующих клинических рекомендаций.

Материалы и методы. Для обзора проведен систематический поиск литературы в PubMed, Scopus, Web of Science, eLIBRARY и Google Scholar (2020–2024 гг.) с ключевыми словами на русском и английском: «микрофлора», «полость рта», «ковид», «коронавирус», «oral microbiota», «COVID-19» и др. Ручной поиск выполнен в профильных журналах и по спискам литературы, отбор и анализ источников – по PRISMA. Обзор литературы охватывает период с 2002 по 2024 год, при этом основное внимание уделено исследованиям, проведенным с начала пандемии COVID-19 в 2020 году, непосредственно связанным с ксеростомическим синдромом и стоматологическими заболеваниями. Включены оригинальные исследования, обзоры и метаанализы с полным текстом и четким описанием методов, отражающие влияние микрофлоры на течение COVID-19 и состояние пациентов. Исключены статьи без данных о микрофлоре полости рта, не связанные с COVID-19, без полного текста или с дублирующимися данными.

Результаты. Современные исследования показывают, что ковидная инфекция приводит к патологическим изменениям в полости рта и нарушает микробиоту. Отмечается рост условно-патогенных бактерий (Streptococcus, Prevotella, Aggregatibacter и др.) при одновременном снижении числа полезных микроорганизмов. Нарушения касаются и грибкового компонента: уменьшается количество Candida и Saccharomyces spp. Некоторые микроорганизмы, например, Fusobacterium nucleatum, способны усиливать инфекцию, повышая экспрессию ACE2 и стимулируя воспалительный ответ. Изменения микробиоты и слизистых оболочек рта при COVID-19 не только ухудшают состояние полости рта, но и могут усиливать течение болезни. Микроорганизмы рассматриваются как потенциальные биомаркеры для диагностики и мониторинга инфекции.

Заключение. Изменения микрофлоры ротовой полости не являются первичными проявлениями COVID-19 и в основном связаны с медикаментозной терапией. COVID-19 изменяет состав слюны и микробиоты полости рта, что может вызывать стоматологические проблемы и влиять на течение заболевания. Некоторые бактерии усиливают инфекцию (например, Fusobacterium nucleatum), а другие способны ее подавлять (P. gingivalis). Микробиом рта может служить как маркером тяжести COVID-19, так и активным участником его патогенеза.

1. Леонов ГЕ, Стародубова АВ. Роль микробиоты ротовой полости в развитии заболеваний желудочно-кишечного тракта. Эффективная фармакотерапия. 2025;21(22):68–76. https://doi.org/10.33978/2307-3586-2025-21-22-68-76

2. Mojon P. Oral health and respiratory infection. Journal of the Canadian Dental Association. 2002;68(6):340- 345. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12034069/

3. Caselli E, Fabbri C, D'Accolti M, Soffritti I, Bassi C, Mazzacane S, et al. Defining the oral microbiome by whole-genome sequencing and resistome analysis: the complexity of the healthy picture. BMC Microbiology. 2020;20(1):120. https://doi.org/10.1186/s12866-020-01801-y

4. Takahashi Y, Watanabe N, Kamio N, Yokoe S, Suzuki R, Sato S, et al. Expression of the SARS-CoV-2 Receptor ACE2 and Proinflammatory Cytokines Induced by the Periodontopathic Bacterium Fusobacterium nucleatum in Human Respiratory Epithelial Cells. International Journal of Molecular Sciences. 2021;22(3):1352. https://doi.org/10.3390/ijms22031352

5. Xu J, Li Y, Gan F, Du Y, Yao Y. Salivary Glands: Potential Reservoirs for COVID-19 Asymptomatic Infection. Journal of Dental Research. 2020;99(8):989. https://doi.org/10.1177/0022034520918518

6. Nardelli C, Gentile I, Setaro M, Di Domenico C, Pinchera B, Buonomo AR, et al. Nasopharyngeal Microbiome Signature in COVID-19 Positive Patients: Can We Definitively Get a Role to Fusobacterium periodonticum? Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 2021;11:625581. https://doi.org/10.3389/fcimb.2021.625581

7. Liu J, Liu S, Zhang Z, Lee X, Wu W, Huang Z, et al. Association between the nasopharyngeal microbiome and metabolome in patients with COVID-19. Synthetic and Systems Biotechnology. 2021;6(3):135-143. https://doi.org/10.1016/j.synbio.2021.06.002

8. Старикова ЕВ, Галеева ЮС, Андреев ДН, Соколов ФС, Федоров ДЕ, Манолов АИ, и др. Состав микробиоты ротоглотки у пациентов с пневмонией различной степени тяжести, вызванной вирусом SARS-CoV-2. Терапевтический архив. 2022;94(8):963-972. https://doi.org/10.26442/00403660.2022.08.201780

9. Zou X, Chen K, Zou J, Han P, Hao J, Han Z. Singlecell RNA-seq data analysis on the receptor ACE2 expression reveals the potential risk of different human organs vulnerable to 2019-nCoV infection. Frontiers in Medicine. 2020;14(2):185-192. https://doi.org/10.1007/s11684-020-0754-0

10. Hoffmann M, Kleine-Weber H, Schroeder S, Krüger N, Herrler T, Erichsen S, et al. SARS-CoV-2 Cell Entry Depends on ACE2 and TMPRSS2 and Is Blocked by a Clinically Proven Protease Inhibitor. Cell. 2020;181(2):271-280.e8. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.02.052

11. Голота АС, Камилова ТА, Шнейдер ОВ, Вологжанин ДА, Щербак СГ. Патогенез начальных стадий тяжелой формы COVID-19. Клиническая практика. 2021;12(2):83-102. https://doi.org/10.17816/clinpract71351

12. AbuBakr N, Salem ZA, Kamel AHM. Oral manifestations in mild-to-moderate cases of COVID-19 viral infection in the adult population. Dental and Medical Problems. 2021;58(1):7-15. https://doi.org/10.17219/dmp/130814

13. Biadsee A, Biadsee A, Kassem F, Dagan O, Masarwa S, Ormianer Z. Olfactory and oral manifestations of COVID-19: Sex-related symptoms – a potential pathway to early diagnosis. Otolaryngology–Head and Neck Surgery. 2020;163(4):722-728. https://doi.org/10.1177/0194599820934380

14. Herrera D, Serrano J, Roldán S, Sanz M. Is the oral cavity relevant in SARS-CoV-2 pandemic? Clin Oral Investig. 2020;24(8):2925-2930. https://doi.org/10.1007/s00784-020-03413-2

15. To KK, Tsang OT, Yip CC, Chan KH, Wu TC, Chan JM, et al. Consistent Detection of 2019 Novel Coronavirus in Saliva. Clinical Infectious Diseases. 2020;71(15):841-843. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa149

16. Cantuti-Castelvetri L, Ojha R, Pedro LD, Djannatian M, Franz J, Kuivanen S, van der Meer F, et al. Neuropilin-1 facilitates SARS-CoV-2 cell entry and infectivity. Science. 2020;370(6518):856-860. https://doi.org/10.1126/science.abd2985

17. Olagnier D, Farahani E, Thyrsted J, Blay-Cadanet J, Herengt A, Idorn M, et al. SARS-CoV2-mediated suppression of NRF2-signaling reveals potent antiviral and antiinflammatory activity of 4-octyl-itaconate and dimethyl fumarate. Nature Communications. 2020;11(1):4938. https://doi.org/10.1038/s41467-020-18764-3

18. Chiu AV, Saigh MA, McCulloch CA, Glogauer M. The Role of NrF2 in the Regulation of Periodontal Health and Disease. Journal of Dental Research. 2017;96(9):975-983. https://doi.org/10.1177/0022034517715007

19. Sachdeva M, Gianotti R, Shah M, Bradanini L, Tosi D, Veraldi S, et al. Cutaneous manifestations of COVID-19: Report of three cases and a review of literature. Journal of Dermatological Science. 2020;98(2):75-81. https://doi.org/10.1016/j.jdermsci.2020.04.011

20. Manalo IF, Smith MK, Cheeley J, Jacobs R. A dermatologic manifestation of COVID-19: Transient livedo reticularis. Journal of the American Academy of Dermatology. 2020;83(2):700. https://doi.org/10.1016/j.jaad.2020.04.018

21. Gianotti R, Zerbi P, Dodiuk-Gad RP. Clinical and histopathological study of skin dermatoses in patients affected by COVID-19 infection in the Northern part of Italy. Journal of Dermatological Science. 2020;98(2):141-143. https://doi.org/10.1016/j.jdermsci.2020.04.007

22. Magro C, Mulvey JJ, Berlin D, Nuovo G, Salvatore S, Harp J, et al. Complement associated microvascular injury and thrombosis in the pathogenesis of severe COVID-19 infection: A report of five cases. Translational Research. 2020;220:1-13. https://doi.org/10.1016/j.trsl.2020.04.007

23. Иорданишвили АК, Малышев МЕ, Швецов ММ. Коррекция иммунных дисфункций в полости рта у людей, перенесших новую коронавирусную инфекцию COVID-19. Институт стоматологии. 2022;(3):54-57. Режим доступа: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=49483804

24. Залялиева МВ, Рашидова ФМ, Нурузова ЗА, Абдукадырова МУ, Мирахмедова НН. Показатели врожденного (лизоцим) и адаптивного (SIGA) иммунитета в слюне больных COVID-19. Теоретическая и клиническая медицина. 2022;(2):90-93. Режим доступа: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=48657974

25. Малышев МЕ, Швецов ММ, Иорданишвили АК. Постковидный синдром: особенности подготовки к дентальной имплантации. Здоровье – основа человеческого потенциала: проблемы и пути их решения. 2022;17(2):845-852. Режим доступа: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=53851035

26. Швецов ММ, Малышев МЕ, Иорданишвили АК. Возможности отечественных индивидуальных средств ухода за полостью рта в устранении стоматологических проявлений последствий новой коронавирусной инфекции COVID-19. Медицинский алфавит. 2022;(2):25-29. https://doi.org/10.33667/2078-5631-2022-2-25-29

27. Колчанова НЭ, Манак ТН, Окулич ВК. Состояние биологической системы полости рта у пациентов после COVID-19. Современная стоматология. 2021;(1):54-58. Режим доступа: https://www.elibrary.ru/item.asp?id=44930163

28. Сатыго ЕА, Бакулин ИГ, Лимина АП. Индекс гигиены полости рта и некоторые показатели ротовой жидкости у пациентов с постковидным синдромом при использовании различных зубных паст. Пародонтология. 2021;26(4):301-307. doi: 10.33925/1683-3759-2021-26-4-301-307

29. Surna A, Kubilius R, Sakalauskiene J, Vitkauskiene A, Jonaitis J, Saferis V, et al. Lysozyme and microbiota in relation to gingivitis and periodontitis. Medical Science Monitor. 2009;15(2):CR66-73. Режим доступа: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19179970/

30. Soffritti I, D'Accolti M, Fabbri C, Passaro A, Manfredini R, Zuliani G, et al. Oral Microbiome Dysbiosis Is Associated With Symptoms Severity and Local Immune/ Inflammatory Response in COVID-19 Patients: A CrossSectional Study. Frontiers in Microbiology. 2021;12:687513. https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.687513

31. Pfeiffer JK, Sonnenburg JL. The intestinal microbiota and viral susceptibility. Frontiers in Microbiology. 2011;2:92. https://doi.org/10.3389/fmicb.2011.00092

32. Lynch SV. Viruses and microbiome alterations. Annals of the American Thoracic Society. 2014;11 Suppl 1:S57-60. https://doi.org/10.1513/AnnalsATS.201306-158MG

33. Honarmand Ebrahimi K. SARS-CoV-2 spike glycoprotein-binding proteins expressed by upper respiratory tract bacteria may prevent severe viral infection. FEBS Letters. 2020;594(11):1651-1660. https://doi.org/10.1002/1873-3468.13845

34. Chen Y, Chen Z, Guo R, Chen N, Lu H, Huang S, et al. Correlation between gastrointestinal fungi and varying degrees of chronic hepatitis B virus infection. Diagnostic microbiology and infectious disease. 2011;70(4):492-498. https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2010.04.005

35. Ren Z, Wang H, Cui G, Lu H, Wang L, Luo H, et al. Alterations in the human oral and gut microbiomes and lipidomics in COVID-19. Gut. 2021;70(7):1253-1265. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2020-323826

36. Dessì A, Bosco A, Pintus R, Orrù G, Fanos V. Fusobacterium nucleatum and alteration of the oral microbiome: from pregnancy to SARS-COV-2 infection. Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2021;25(13):4579-4596. https://doi.org/10.26355/eurrev_202107_26251

37. Brennan CA, Garrett WS. Fusobacterium nucleatum – symbiont, opportunist and oncobacterium. Nature Reviews Microbiology. 2019;17(3):156-166. https://doi.org/10.1038/s41579-018-0129-6

38. Bao L, Zhang C, Lyu J, Yan C, Cao R, Pan M, et al. Beware of pharyngeal Fusobacterium nucleatum in COVID-19. BMC Microbiology. 2021;21(1):277. https://doi.org/10.1186/s12866-021-02336-6

39. Bontempo A, Chirino A, Heidari A, Lugo A, Shindo S, Pastore MR, Madonia R, et al. Inhibition of SARS-CoV-2 infection by Porphyromonas gingivalis and the oral microbiome. Microbiology Spectrum. 2024 Oct 3;12(10):e0059924. https://doi.org/10.1128/spectrum.00599-24

40. Chipashvili O, Utter DR, Bedree JK, Ma Y, Schulte F, Mascarin G, et al. Episymbiotic Saccharibacteria suppresses gingival inflammation and bone loss in mice through host bacterial modulation. Cell Host and Microbe. 2021;29(11):1649-1662.e7. https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.09.009

41. Ganesan SM, Peter TK, Withanage MHH, Boksa F, Zeng E, Martinez A, et al. COVID-19 associated oral and oropharyngeal microbiome: Systematic review and meta-analysis. Periodontology 2000. 2024;94(1):603-626. https://doi.org/10.1111/prd.12489

42. Merenstein C, Liang G, Whiteside SA, CobiánGüemes AG, Merlino MS, Taylor LJ, et al. Signatures of COVID-19 Severity and Immune Response in the Respiratory Tract Microbiome. mBio. 202;12(4):e0177721. https://doi.org/10.1128/mBio.01777-21

43. Amorim Dos Santos J, Normando AGC, Carvalho da Silva RL, De Paula RM, Cembranel AC, Santos-Silva AR, et al. Oral mucosal lesions in a COVID-19 patient: New signs or secondary manifestations? International Journal of Infectious Diseases. 2020;97:326-328. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2020.06.012

44. Reis VP, Bezerra AR, Maia ABP, Marques LC, Conde DC. An integrative review of oral manifestations in patients with COVID-19: signs directly related to SARS-CoV-2 infection or secondary findings? International Journal of Dermatology. 2022;61(3):278-290. https://doi.org/10.1111/ijd.15881

45. Kenarkoohi A, Maleki M, Safari T, Kaffashian MR, Saljoughi F, Sohrabipour S. Angiotensin-Converting Enzyme 2 Roles in the Pathogenesis of COVID-19. Curr Hypertens Rev. 2021;17(3):207-216. https://doi.org/10.2174/1573402116666200810134702

46. Македонова ЮА, Поройский СВ, Гаврикова ЛМ, Афанасьева ОЮ. Проявление заболеваний слизистой полости рта у больных, перенесших COVID-19. Вестник ВолГМУ. 2021;(1):110-115. https://doi.org/10.19163/1994-9480-2021-1(77)-110-115

47. Avais LS, Pacheco EC, Gomes LPOZ, Baldani MH, Martins CM, Waldman EA, et al. Oral Manifestations in the Post COVID-19 Condition: A Systematic Review With Meta-Analysis. Reviews in Medical Virology. 2025;35(4):e70057. https://doi.org/10.1002/rmv.70057